681年），三藩之乱平定，解决台湾问题的时机成熟了。这年郑成功之子郑经死，诸子争位，长子郑克■被杀，幼子郑克塽立。郑克塽时年十二岁，大权操于冯锡范与刘国轩之手。康熙帝即用施琅为水师提督，进兵台湾。康熙二十二年（1683年）闰六月，施琅统战船三百，水师二万，攻打澎湖。一战而克，大获全胜。郑军二万士卒，二百只战舰全部被击溃，守将刘国轩遁归台湾。郑克塽等见大势已去，即向施琅投降。康熙帝在台湾设一府三县——台湾府和台湾、凤山、诸罗三县，隶于福建省。并在台湾设总兵一员，驻兵八千，在澎湖设副将一员，驻兵二千。康熙帝收复台湾，完成台湾和大陆之间的政治统一，大大促进了以后台湾的政治、经济与文化的发展。从此台湾成为我国东南海上的重镇，有利于加强和巩固我国东南沿海的国防，有利于抵御西方殖民势力的入侵。康熙帝统一台湾，其意义极为重大。
  3。平定准噶尔部首领叛乱
  准噶尔部首领叛乱，始于康熙年间，继续于雍正年间，终结于乾隆年间，历时达七十余年之久。清廷平定准噶尔叛乱，关系到国家对新疆、青海、西藏、蒙古的统一问题，具有重大的意义。蒙古三部　明末清初之际，我国蒙古族分为漠南蒙古（内蒙古）、漠北喀尔喀蒙古（外蒙古，明时称作鞑靼）和漠西厄鲁特蒙古（明时称作瓦剌）三大部。漠南蒙古分为二十五部，早在皇太极时就已归附清朝，清廷封其封建领主以亲王、郡王等爵，并与之世代通婚。喀尔喀蒙古分为四部，即扎萨克图汗部、三音诺颜部、士谢图汗部、车臣汗部，在皇太极时，各部已向清廷进贡，还各遣子弟入朝。厄鲁特蒙古分为四部，即准噶尔部、和硕特部、杜尔伯特部、土尔扈特部。四部各有其牧地，准噶尔部游牧于伊犁，和硕特部游牧于乌鲁木齐，杜尔伯特部游牧于额尔齐斯河，土尔扈特部游牧于雅尔（即塔尔巴哈台）。明末，和硕特部又迁徙游牧于青海。土尔扈特部也因受到准噶尔部压迫，弃雅尔牧地，全族西走，进入已为俄罗斯占据的旧日牧地额济勒河（今伏尔加河）游牧。在土尔扈特部迁走以后，本属于杜尔伯特部的辉特部则进入雅尔地方，又自成为一部，所以厄鲁特仍为四部。在厄鲁特四部中，以准噶尔部最为强大。平噶尔丹叛乱，统一外蒙古　康熙初年，噶尔丹做了准噶尔汗。他野心勃勃，首先把厄鲁特各部并入在他的统治之下，又征服南疆的回部（今维吾尔族），成为控制今新疆、青海的巨大割据势力。他于康熙二十七年（1688年）向东推进，打败喀尔喀蒙古，迫使喀尔喀数十万众南徙。噶尔丹成为对清朝北部疆域的重大祸患。康熙帝一面把喀尔喀部众安置在内蒙古北部放牧，一面命噶尔丹退兵，要他归还属于喀尔喀部的牧地。但噶尔丹在俄罗斯贵族的支持下，不但不听康熙帝之命，相反地却继续东进，侵入内蒙古。在此情况下，康熙帝决定讨伐噶尔丹。康熙帝对噶尔丹三次亲征。第一次在康熙二十九年（1690年），清军分左右两翼出击。右翼军在内蒙古乌珠穆沁地方和噶尔丹接触，作战失利，噶尔丹乘胜急进，深入乌兰布通（今赤峰市境），距北京仅七百里，京师震动。左翼军则以优势火器击破噶尔丹用万驼围成的“驼城”，噶尔丹军遂大败。第二次在康熙三十五年（1696年），清军于昭莫多（今乌兰巴托东南）地方大败噶尔丹，噶尔丹仅以数十骑逃走。第三次在康熙三十六年，康熙帝亲往宁夏对噶尔丹实行包围，噶尔丹穷蹙无计，饮药而死。战争结束后，康熙帝使喀尔喀诸部仍回原牧地，并把喀尔喀各部一律改编为旗，共分为五十五旗，旗设扎萨克（旗长），由蒙古封建领主担任。雍正年间，喀尔喀又分为七十四旗，到乾隆年间，因人口繁殖，更增为八十四旗。从康熙朝开始，喀尔喀蒙古正式归附清廷，外蒙古地区完全处于清廷的管理之下。至雍正、乾隆两朝，清廷又先后在乌里雅苏台（今蒙古国扎布哈朗特）及科布多（今吉尔格朗图）筑城，设定边左副将军驻乌里雅苏台，设参赞大臣驻科布多，以掌管喀尔喀蒙古的军政大权，从此遂为定制。平策妄阿拉布坦叛乱，加强对西藏的管理　噶尔丹死后，其侄策妄阿拉布坦为准噶尔汗，继续向外扩张，在康熙五十五、六年间（1716—1717年），发兵攻入西藏。康熙帝于康熙五十九年（1720年）派兵入藏，击败了准噶尔的军队，并使亲清的康济鼐管理前藏，颇罗鼐管理后藏，并以蒙古兵二千人留守西藏。雍正、乾隆时，又在西藏建立了一套完整的管理制度，加强了对西藏的统治。
  统一新疆　新疆北部属于蒙古准噶尔部，虽一再为清朝所败，但仍未归服。南部为回部（维吾尔族），长期受准噶尔的控制。乾隆时，准噶尔部不断发生内争，贵族达瓦齐乘机以武力夺得汗位。乾隆二十年（1755年）春，清朝政府出兵平乱，兵抵伊犁，达瓦齐逃至南疆，为维吾尔族人所擒，送给清军。策妄阿拉布坦的外孙阿睦尔撒纳又起兵反清，不久兵败，逃入俄罗斯。此事件后，清廷即在伊犁设将军，总管本地区的行政、军事。又在乌鲁木齐设都统，在巴里坤各设领队大臣，都领兵屯驻。蒙古族仍分旗编制，各旗设扎萨克，由蒙古人充当，管理本旗事务。天山南路的回部，于乾隆二十二年也发生了以大小和卓木为首的叛乱①，人数众多。次年，清廷出兵喀什噶尔和叶尔羌，大小和卓木向西逃窜，逾葱岭，入拔达克山（在今阿富汗东北），为当地人所杀，回部之乱平定。清朝在喀什噶尔设参赞大臣，归伊犁将军节制。参赞大臣之下，依回部旧制，于各城设立伯克，由维吾尔人担任，管理本城事务。土尔扈特归国　土尔扈特原为厄鲁特蒙古四部之一，其牧地在新疆雅尔（今新疆塔城西北至哈萨克斯坦塔尔巴哈台山以南）一带。明末，土尔扈特部因受准噶尔部压迫，西迁旧牧区额济勒河（今伏尔加河）驻牧。但俄罗斯政府对他们欺压剥削严重，风俗又不同，始终怀念祖国。清初，土尔扈特不断遣使入贡。后来贡道被准噶尔阻绝，土尔扈特便假道俄罗斯，与清朝相通。康熙五十一年（1712年），土尔扈特阿玉奇汗遣使假道俄罗斯入贡。康熙帝嘉其诚心，当年即遣图理琛等人出使土尔扈特。图理琛等到达阿玉奇汗驻地，宣传朝廷慰问之意。阿玉奇汗大喜，留住使臣十数日，深切表达了故国之思。图理琛等此行，加深了祖国与土尔扈特的感情。
  土尔扈特受俄罗斯的压迫太甚，俄罗斯屡向土尔扈特征兵，用来与邻国作战，土尔扈特部众死者很多。后来俄罗斯对土耳其发动战争，又征兵于土尔扈特，土尔扈特部众人人忧惧。因此，渥巴锡汗（阿玉奇汗之孙）于乾隆三十五年（1770年）十月率众回国，沿途遭到俄罗斯追兵袭击，又遭到哈萨克等邀击，历经千辛万苦，死伤极多。至次年六月，才到达伊犁。是年九月，乾隆帝便在热河避暑山庄接见乌巴锡等人，一一给予封爵。土尔扈特分为新旧两部，旧土尔扈特由乌巴锡率领，在伊犁以东地区游牧，归伊将军管辖；新土尔扈特由舍稜率领在阿尔泰山布尔干河游牧，归科布多参赞大臣管辖。
  4。平罗卜藏丹津叛乱，安定青海
  雍正元年（1723年），准噶尔部策妄阿拉布坦支持青海和硕特部首领罗卜藏丹津反叛清朝。罗卜藏丹津纠集二十余万人，进攻西宁。雍正帝命年羹尧为大将军、岳钟琪为奋威将军，统兵进讨。雍正二年（1724年）二月，岳钟琪发动奇袭，罗卜藏丹津军大败，罗卜藏丹津逃到准噶尔部，清朝加强了对青海的统治。
  5。改土归流
  西南土司制度　我国西南少数民族，分布在今云南、贵州、四川、湖南、广东、广西一带，其居住地区与汉族地区犬牙相错。这些民族中人口最多的一支是苗族，其他还有瑶族、僮族、彝族、傣族、黎族等。清初对苗族及其他少数民族的统治是沿袭元、明的土司制度，即以少数民族的首领担任当地的土官，文职有土知府、土知州、土知县等，武职有宣慰使、宣抚使、安抚使、招讨使、长官等。这种土司制度的最大弊病在于世袭，得以世代统治其土地和人民，名义上虽是朝廷的命官，实际是独立王国，对当地居民的压迫、剥削极其残酷，真是无法无天；又极容易与朝廷对抗。所以自明朝以来，为了加强中央的权力，消弭土司之患，即开始改土归流，就是废除世袭的土官，改设可以随时任免的流官。清朝也不断实行改土归流政策，但集中地、较大规模地改土归流，是在雍正一朝。鄂尔泰改土归流　雍正四年（1726年），鄂尔泰任云南巡抚兼云贵总督，奏请改土归流。雍正帝同意他的意见，把四川的东川、乌蒙、镇雄三土府改隶云南，命他总督云南、贵州、广西三省，负责规划其事。从雍正四年至九年，改土归流在云南、贵州、四川、广西等省次第推行，许多土司被撤消，清廷在原土司地区设立府、厅、州、县，实行与汉族地区相同的制度，如清丈土地，编制户口，纳粮当差等。大大加强了西南地区与内地的联系，有利于促进少数民族地区经济文化的发展，有利于巩固国家统一及巩固西南边防。改土归流是进步性的措施。不过这次改土归流以后，土司之未改流者仍然很多，主要分布于云南、贵州、四川、广西等省的边远地区，也有一些散布于甘肃、青海、西藏地方，直至民国时期。
  三、奠定疆域
  1。反对沙俄侵略
  沙俄侵入黑龙江流域　十六世纪八十年代之初，俄罗斯帝国的势力开始越过乌拉尔山，积极向东方扩张。至十七世纪四十年代末，西起乌拉尔山东至太平洋沿岸的辽阔的西伯利亚地区即基本被吞并。此后，屡次派遣武装匪徒闯入黑龙江流域烧杀劫掠，并先后占据尼布楚和雅克萨地方，在此筑城据守。这时正值清朝顺治年间，清廷忙于国内战争，无暇北顾，遂使俄罗斯的侵略势力得以肆虐。雅克萨之战与《尼布楚条约》　在平定三藩之乱后，康熙帝即着手部署，准备驱逐俄罗斯侵略势力。康熙二十四年（1685年），彭春、林兴珠等率兵三千五百出征，水陆并进，大败俄罗斯军，毁雅克萨城而还。但俄罗斯军在清军撤退后，又返回雅克萨筑城固守。康熙二十五年，萨布素等率军二千余人再次进攻雅克萨，俄罗斯兵八百余人死守不去，双方相持三月之久。然俄罗斯损兵折将甚惨，守城头目死于炮火，兵卒伤亡最后只剩下几十人，雅克萨城旦夕可下。但就在这时，双方和议开始，康熙帝宣布撤围休战。俄罗斯派遣戈洛文，清廷派遣索额图、佟国纲等，于康熙二十八年会于尼布楚（今俄国涅尔琴斯克），签订了《尼布楚条约》。条约用满、蒙、汉、俄、拉丁五种文字写成，其中最重要的是拉丁文本，因为双方署名盖章都在这一文本上。条约规定：两国以格尔必齐河、外兴安岭和额尔古纳河为分界线，外兴安岭以北属俄罗斯，以南属中国，额尔古纳河以北属俄罗斯，以南属中国。至于外兴安岭与流入鄂霍次克海的乌第河之间的地方暂行存放，留待以后定议。又规定毁雅克萨城，迁俄人出境，此后两国商旅凡持有文票（护照）者，听其往来贸易不禁。这是中俄签订的第一个边界条约，这是一个平等的条约，它规定了中俄东段边界，肯定了黑龙江和乌苏里江流域的广大地区都是中国领土，黑龙江和乌苏里江都是中国的内河。不过在这个条约中，贝加尔湖以东的中国领土割让给了俄国，这是清廷在边界谈判中的失策。《布连斯奇条约》与《恰克图条约》　沙俄在与侵略我黑龙江流域的同时，又把侵略魔掌伸进我国北部的喀尔喀蒙古地区，积极支持准噶尔部叛乱首领噶尔丹攻击喀尔喀，迫使喀尔喀举族南迁，遂趁机向南扩展势力，占据喀尔喀大片土地，并且阴谋全部吞并喀尔喀。康熙帝平定噶尔丹叛乱之后，喀尔喀蒙古重返家园，沙俄依然侵扰蚕食喀尔喀不止，致使中俄中段边界的形势日趋紧张。尼布楚条约签署后，清政府曾一再要求划定中段边界，但沙俄政府置之不理。直到雍正三年（1725年），彼得一世死，其妻叶卡特林娜一世才派遣萨瓦·务拉的思拉维赤为特命全权大使，到北京谈判贸易和边界问题，使团共有一百二十人，由一千五百人的庞大卫队护送。次年，萨瓦到达北京，与清政府代表吏部尚书察毕纳、理藩院尚书特古忒、兵部侍郎图理琛会谈了数十次，历时达半年之久。北京谈判只是达成初步协议，商定了边界和贸易问题的?