这一奏疏的措辞虽然极端尖辣，但又谨守着人臣的本分。海瑞所要求于皇帝的不过是改变自己的作为，而这改变又非常容易，只需要“翻然悔悟”，由乱致治，也不过“一振作间而已”。言下之意是，如果皇帝能够真正振作，选择合宜的道路，赴之以决心，他还是有机会成为尧舜之君的。
  这样的奏疏确乎是史无前例的。往常臣下向皇帝作诤谏，只是批评一种或几种政策或措施，这种指斥皇帝的性格和否定他所做的一切，等于说他这几十年的天子生涯完全是尸位素餐，而且连为人夫及人父的责任也没有尽到，其唐突之处，真的是古今罕有。
  嘉靖皇帝读罢奏疏，其震怒的情状自然可想而知。传说他当时把奏折往地上一摔，嘴里喊叫：“抓住这个人，不要让他跑了！”旁边一个宦官为了平息皇帝的怒气，就不慌不忙地跪奏：“万岁不必动怒。这个人向来就有痴名，听说他已自知必死无疑，所以他在递上奏本以前就买好一口棺材，召集家人诀别，仆从已经吓得统统逃散。这个人是不会逃跑的”。嘉靖听完，长叹一声，又从地上捡起奏本一读再读。
  嘉靖没有给予海瑞任何惩罚，但是把奏章留中不发。他不能忘记这一奏疏，其中有那么多的事实无可回避，可是就从来没有人敢在他面前那怕是提到其中的一丁点！皇帝的情绪显得很矛盾，他有时把海瑞比做古代的忠臣比干，有时又痛骂他为“那个咒骂我的畜物”。有时他责打宫女，宫女就会在背后偷偷地说：“他自己给海瑞骂了，就找咱们出气！”
  此时嘉靖的健康已经欠佳，他曾经动过退位为太上皇的念头，可是这种放弃天下职责的做法，在本朝又并无先例。在1566年阳历2月底，他左思右想，气愤难平，终于下令锦衣卫把海瑞逮捕到东厂禁锢。刑部议决对海瑞按儿子诅咒父亲的律例处以绞刑，然而嘉靖皇帝在以前虽然批准过许多人的死刑，在这时候却没有在刑部的建议上作任何的批复，因此，海瑞就在狱中住了10个月。
  有一天，狱中忽然设酒肴相待。海瑞以为这是临死前的最后一餐，他神色不变，饮食如常。提牢主事悄悄告诉他，皇帝业已升遐，新君不日即位，你老先生乃是忠臣，一定会得到重用，海瑞听罢，立刻放声号哭；号哭之余，继以呕吐。
  1567年年初隆庆皇帝登极，海瑞被释出狱。对他的安排立即成了文渊阁大学士和吏部尚书的一个难题。他的声望已为整个帝国所公认。他当然是极端的廉洁，极端的诚实，然而从另外一个角度来看，也可能就是极端的粗线条，极端的喜欢吹毛求疵。这样的人不会相信为人处世应该有阴阳的分别，他肯定会用他自己古怪的标准要求部下和上司。对他应该怎么分派呢？看来比较稳妥的办法是让他升官而不让他负实际的责任。于是，在不长的时期内，他历任尚宝司丞、大理寺右寺丞、左寺丞、南京通政司右通政，官至正四品。这样一个闲曹自然不能令海瑞满意，因为他是伦理道德的坚决信奉者和实行者，对国家和人民具有高度的责任感。
  1569年年初的京察，按照惯例，凡属四品以上身服红袍的官员都应当作出自我鉴定。于是海瑞在奏折中说：陛下既然赦免了我的死罪，又对我破格擢升，在所有的文臣之中，没有一个人会比我更加迫切地要求报答陛下的恩典。接着，他谦虚地声称自己才浅识疏；又接着，他表示自己现任的职务只是专管查看呈奏给皇帝的文书，看罢以后原封发送，既无财政责任，又用不着下左右全局的决心，但是连这样的一个位置还不称所职，所以不如干脆把我革退。
  这样看来，海瑞并不是完全不懂得阴阳之道的精微深奥。他阳求罢免，阴向管理人事的官员要挟：如果你们真的敢于罢黜我这样一个有声望的、以诤谏而名著天下的忠臣，你们必然不容于舆论；如果不敢罢黜我，那就请你们分派给我能够实际负责的官职。
  文渊阁和吏部终于向他低头。当年复天，海瑞被任命为南直隶巡抚，驻扎苏州。且不说这里是全国最富庶的地区，即使是一般地区，任命这样一位不由进士出身的人担任巡抚，也已属于罕见。但是这一地区历来号为难治，以海瑞的性格而就任斯职，有识见的人早就料到必然引起不良的后果。事实不出所料，8个月之后，他遇到劾参而被迫退休。
  海瑞的新职一经发表，南直隶的很多地方官就自己估计到将会不能见容于这位古怪的上司，因而自动离职或请求他调。缙绅之家纷纷把朱漆大门改漆黑色，以免炫人眼目而求韬光养晦。驻在苏州的一个宦官把他的轿夫由8人减至4人。举出这些琐事，就可以证明新巡抚大人声势之迅猛，足以使人震慑。
  海瑞下车伊始，就把他的“督抚条约”三十六款在所治各府县公布。条约规定：境内成年男子一律从速结婚成家，不愿守节的寡妇应立即改嫁，溺杀婴孩一律停止。巡抚出巡各地，府县官不得出城迎接，但巡抚可以传询耆老听取他们的控诉。巡抚在各府县逗留，地方官供给的伙食标准为每天纹银二钱至三钱，鸡鱼肉均可供应，但不得供应鹅及黄酒。境内的公文，今后一律使用廉价纸张；过去的公文习惯上在文后都留有空白，今后也一律废止。自条约公布之日起，境内的若干奢侈品要停止制造，包括特殊的纺织品、头饰、纸张文具以及甜食。
  这些规定，有的不免失之琐碎苛细，本来就会生问题的。而他最后的垮台，则是因为他干预了境内的农田所有权所致。
  本朝开国之初，太祖洪武皇帝使用严厉的手段打击豪绅富户，两千年来社会的根本问题即士地问题因而得以暂时缓和。中叶以来，这一问题又趋尖锐。高利贷者利用地方上的光棍青皮大量放款于自耕农，利率极高，被迫借款者大多不能偿还。一旦放款的期限已到而又无力偿还，其所抵押的土地即为放款者所占有。虽然官方曾规定利率不得超过三分，而且不论借款时间之长短，利息总数不得逾本金之半，但这种规定从来未能认真执行。与上述规定同时，官方还规定土地因不能还贷而被放款者占有，5年之内，仍可以用原价赎回，这也就在书面上更增加了事情的复杂性。
  海瑞之下决心改变这种状况，不仅是出于保持法律的尊严，而且是为了维护道德的神圣。从他的文集中可以看出，他有限制富户过多地占有土地、缩小贫富差别的愿望。这种冲动使他一往直前，义无反顾。因此，他毫不犹豫地接受了大批要求退田的申请。
  南直隶境内的豪绅富户，最为小户百姓所痛心疾首的是徐阶一家。此人曾任首辅，后为高拱排斥而退休闲住。他的家庭成员，据称多达几千，其所占有的土地，有人说是24万亩，有人说是40万亩。上述数字无疑地有所夸大，但徐家为一大家庭，几代没有分家，放高利贷的时间也已颇为长久。海瑞把有关徐家的诉状封送徐阶，责成他设法解决，最低限度要退田一半。从他们往来的缄牍中可以看到，徐阶被迫接受了海瑞的带有强迫性的要求。
  徐阶于海瑞有救命之恩。在他任首辅期间，海瑞因为上书而被系狱中，刑部主张判处绞刑，徐阶将此事压置。他退职家居以后，听任家里人横行不法，根据当时的法令，他可以受到刑事处分。海瑞强迫他退田，并且逮捕了他的弟弟徐陟，一方面显示了他的执法不阿，另一方面也多少可以减缓百姓的不满，体现了爱人以德的君子之风。这种兼顾公谊私情的做法大大地增加了海瑞的威信。
  如果海瑞采用惩一儆百的方式，把徐家或其他几家有代表性的案件广事宣传，以使籍富欺贫者知所戒惧，而不是对类似的案件一一追究，那么，他也许会在一种外张内弛的气氛中取得成功。然而他的热情不可收敛。他指定每月有两天专门收受这一类案件。据他自己的文章中说，他每天要收到三千至四千件禀帖。牵涉面如此之广，自然一发而不可收拾。
  南方的农村大多种植水稻。整片田地由于地形和灌溉的原因划为无数小块，以便适应当日的劳动条件。这样，因为各小块间肥瘠不同，买卖典当又经常不断，是以极少出现一个地主拥有连绵不断的耕地。王世贞和何良俊都记载过当时的实况是，豪绅富户和小户的自耕农的土地互相错杂，“莫知所辨析”。海瑞自己在海南岛的田产，据估计不到40亩，却分成了93块，相去几里。这些复杂的情况，使解决农田所有权的问题变得更加困难。
  除此以外，利用高利贷以侵蚀获取他人的产业，还并不限于富户及其代理人青皮光棍。因为信用借贷的机构并不存在，一个自耕农如果稍有积蓄，他就会设法把积蓄贷之于亲戚邻舍以取得利息，借方即以其田产的一部分作为抵押品。在开始的时候借贷双方的贫富程度往往相去无几，然而当借方由于急需而以这种利率极高的贷款来饮鸩止渴，在多数的情况下就难于自拔，所抵押的田产也随即为贷方接管。这种情形在当时已经成为社会风气。海瑞卷入了大量这样的纷争之中，孤军奋斗，遂使自己陷于不能自主之境。
  以个人而对抗强大的社会力量，加之在具体处理这些诉讼的时候又过于自信，师心自用，既没有对地方上的情形作过周密的考察，也没有宣布法律的准则，更没有建立专门的机构去调查案情、听取申辩以作出公正的裁决，海瑞的不能成功已不待言而自明。除此以外，他虽然承认明文规定5年以上不得赎还的条文，但却要求有书面契约作为依据，否则这一条文就不能适用。这个理由表面上似乎并无不妥，然而揆诸实际，农民间的借贷，通常却很少有书面契约。据他自己说，对这样的案件，他所批准赎还的仅占二十分之一，但正如上面所说的，他不是依靠一个强有力的机构而只凭个人的判断去裁决为数众多、头绪纷繁的争执，其是否能一一做到合情合理，无疑是一个极大的疑问。
  还在海瑞受理田产纷争之前，他已经受到了监察官的参劾。参劾的理由是他不识大体，仅仅注意于节约纸张等细枝末节，有失巡抚的体统。随后，给事中戴凤翔以更严厉的措辞参劾海瑞，说他但凭一己的冲动随意对百姓的产业作出判决，在他的治下，佃户不敢向业主交租，借方不敢向贷方还款。这种明显的夸大之辞不免使人怀疑这位给事中是否已经和高利贷者沆瀣一气。更为耸人听闻的是，戴凤翔竟说，7个月之前，海瑞的一妻一妾在一个晚上一起死去，很可能出于谋杀。尽管海瑞答辩说他的侍妾在阳历8月14日自缢，而妻子则在8月25日病死，但是给事中的参劾已经起到了预期的效果，不论真相如何，许多人已经怀疑海瑞确系怪僻而不近人情，所以才会发生这样的家庭悲剧。
  事情极为分明，戴凤翔所代表的不仅是他自己。要求罢免海瑞的奏疏继续送达御前。吏部根据各种参劾的奏疏提出意见，说南直隶巡抚海瑞实为“志大才疏”，应该调任闲曹。这情形是如此微妙，一年之前没有人敢于非议这位朝廷上最正直的忠臣，一年之后他却成了众矢之的；一年之前文渊阁和吏部还因为海瑞的抗议，对他另眼相看，一年之后他们却建议皇帝让他去重新担任不负实际责任的官职。愤愤不平的海瑞终于在1570年春天被迫辞职回乡，在提出辞职的奏疏中，他痛斥“举朝之士，皆妇人也”。这种一概骂倒的狷介之气，使他在文官集团中失去了普遍的同情。
  两年之后，万历皇帝登极，张居正出任首辅。这位文渊阁的首脑和海瑞一样，尊重法纪而讨厌苏松地区的地主。由此，海瑞曾经和张居正作过接触，希望他主持公道。张居正给他的复信中说：
  “三尺之法不行于吴久矣。公骤而矫以绳墨，宜其不堪也。
  讹言沸腾，听者惶惑。仆谬忝钧轴，得参与庙堂之末议，而
  不能为朝廷奖奉法之臣，摧浮淫之议，有深愧焉。”这种以委婉的语句阳作同情、阴为责备的修辞方式，正是我们的文人所擅长的技巧。张居正认为海瑞轻率躁进而拒绝援之以手，使海瑞赋闲家居达15年之久，一直要到1585年，他才被重新起用为南京右金都御史。
  对于张居正，批评者认为他峭刻、矫饰而自奉奢侈；对于海瑞，则称之为奇特、怪僻而执拗。批评者没有看到他们那种上下而求索的精神，即希望寻找出一种适当的方式，使帝国能纳入他们所设计的政治规范之内。尤其重要的是，如果张居正的措施多少带有变法的意味，那么海瑞的做法?