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  当然，查理这个期间的思想稍微离开了学术研究。虽然他每天早晨都要写南美洲鸟类的生物学，但有时候他就丢下这项工作单独一个人或者同哥哥伊拉司马斯一起去逛伦敦大街，看看有没有出租的房子，以便他在同埃玛结婚后能够住在那里。赖尔夫妇当时特别关心此事。
  埃玛到伦敦去帮助查理寻找房子，同他一起去看戏。最后在上高尔街选中了一套油漆得很漂亮的房子，于是便把单身什物搬到了那里。这座老房子之所以吸引了这对年轻人，主要是因为它有一个小花园。
  一八三九年一月二十九日，在梅尔举行了婚礼，这对年轻人很快就去了伦敦。根据埃玛（她毫不费力地一下子就担负起了主妇的重担）的书信来看，在婚后的最初一个时期，他们把很多时间用于接待客人的来访，到最亲近的人和熟人那里赴宴和回访他们的熟人。别人的这些拜访可能使查理比他的妻子更加激动。
  后来扎德教授描写了达尔文这位热情的主人当时给客人们留下的感觉。“我不知道有谁在同他接触时（即使时间很短）而能不被他的个性迷住的。谁能够忘记他在见面时那种亲切的握手和在离别时那种温柔地、长时间地不断抚摸手掌的情景，而主要的是，谁能忘记他那引起面部整个表情变化的诱人的微笑……人们在回首往事时往往忘记哲学家深奥的哲理，而想起主人的热情好客”。
  一般来说，达尔文夫妇几乎放弃了社交活动，过着非常安静、深居简出的生活。可是，达尔文的健康情况显然越来越坏了，因此他不得不到梅尔和施鲁斯伯里再次长期休息。一八三九年底，达尔文添了一个儿子。他对儿子的观察后来反映在他写的《论感觉的表现》这本书中。父亲爱孩子的情感是如此的强烈，以致连他本人都觉得有点意外。
  他继续（虽然是断断续续地）整理自己的地质论文，特别是《珊瑚礁》和《南美洲的巨漂砾和冰川》。他在地质学会作《关于某些火山现象之间的联系》的报告，他研究《贝格尔号动物学》的鸟类部分，即他在南美搜集的那些鸟的生活方式和分布情况；鸟类学家古耳路德对这些鸟进行了鉴定和描写。
  在达尔文没有摆脱搜集资料和思考理论这一阶段以前，他一直从事关于物种和变种的研究工作。一八四一年一月，他写信给有经验的养禽家福克司说：“我将以感激的心情接受您的最微小的资料；对各种家禽和哺乳动物（如狗、猫等等）通过各种杂交而产生的后代的记述都是很珍贵的。”达尔文请求福克司，如果他那里有杂交的非洲猫要死去的话，为了得到骨骼，请把它的尸体装在一个小盒子里寄来，并请求将由杂交而生出来的鸽、鸡或鸭也寄来。这些东西对他来说“比得到任何鹿腿或最好的乌龟都更有价值。”
  一八四一年初，他的那部关于珊瑚礁的著作终于问世了，书名是《珊瑚礁的构造和分布》。关于这部著作的基本思想我们已经谈过。不过有趣的是这部著作的成书情况。在这部著作中已经谈到了达尔文所使用的不同于他的所有其他著作的那些方法的特点：第一是内容的广泛性：他掌握了研究对象的所有详情细节；第二是高度的概括性：他寻求并且找到了最能充分说明被考察的现象的规律；第三，他并没有闭着眼睛不看他在总结时所遇到的各种困难；不但如此，他好象预先就在寻找这些困难，为是是克服它们，对它们加以专门解释，从而预防人们可能向他提出各种反驳意见；第四，他能从各个方面观察所研究的对象，在对研究对象进行考察时，他既是地质学家和地貌学家，又是动物学家，一句话，他是一个广义上的博物学家。这样，他就一步一步地使读者相信，尽管有种种难懂、含糊和矛盾之处，但是他的观点是最能为人们所接受的。在现代战争中，人们不能忽视任何东西，他们对一切细节都要预先估计，并在自己所占领的一切地方巩固起来，同样，达尔文也表现出他特有的坚毅不拔的顽强性，他预先掌握了研究对象的难点，坚持自己的观点，不掩饰自己立场上的任何弱点，只要他证明的各路大军进行战斗的共同结果能保证他取得胜利就行。
  在这部著作的第一章里，他考察了环形岛、珊瑚岛。因为这些岛屿的起源问题曾经有过一些很不正确的、有时甚至是虚构的假设。他描写了他亲自研究过的环形岛基林，描写了暗礁外缘的珊瑚，围成礁湖的珊瑚式的藻类地带、礁湖本身、下沉到礁湖底层的沉积物以及靠吃淤泥和珊瑚的动物（绿鲪和管海参），描写了暗礁和小岛屿的变化情况。他强调指出，所有这些为数极多而又分散极广的岛屿露出海面并不高，而从礁石的表面算起，海洋通常越是很深的，这种深度就要求形成环形岛的基地有很大的陡坡。
  在第二章里，他谈了堡礁，宽阔的水道一礁湖把它们和陆地分割开来。他以围绕一个岛屿或一个群岛屿的堡礁的若干例子表明，堡礁的形状和结构非常近似环礁的形状和结构。他用某些环礁和某些堡礁（带有从礁湖里透过暗礁而露在外面的部分）的平面图直观地说明了这一想法。
  在第三章里，他谈的是有绿壁的礁或者说岸礁，它们距陆地比堡礁近得多，而且在它们与海岸之间，没有礁湖那样的深水地区。
  他在第四章里描述了珊瑚礁的成长。他在这里广泛地论述了对珊瑚礁增长的有利条件，它们生长的速度以及形成暗礁的珊瑚虫生活的深度。对于他所有的论断来说，极端重要的因素是，这些珊瑚虫在低于最低限的深度中是不能茁壮成长的。当然，对于岸礁来说，这并不困难，但对于堡礁和环礁来说，就会产生极大的困难。令人不解的是，为什么堡礁的礁石或沉积物的浅滩在所要求的深度范围内向海延伸那么远，更有甚者，为什么如上面所说的分散很广的环礁，如果它们都处于山顶，就无论如何也不会高出海平面，而为什么这些山顶本身在岛屿如此分散的情况下，在大多数的情况下总有点达不到海的表面。
  在具有极其重要的理论意义的第五章里，达尔文批判了过去关于在喷火山口或在由沉积物变来的水下浅滩上形成大群岛的环礁的假设，排除了最费解的地方而发展了他自己的学说。他认为，堡礁是由岸礁形成的，而环礁是由堡礁形成的，这种形成，一方面是通过陆地缓慢下沉，另一方面是通过暗礁的珊瑚的增高来进行的，而这种增高过程就让珊瑚在阳光、氧气和水的运动都极其有利的条件下生活。他用简略而又直观的示意图说明了自己的这一思想。和平常一样，他不局限于对自己理论进行一般的解释，也不局限于自己理论的一些主要论点，而是着重谈了在前面几章中描写到的而又需要作专门研究和说明的那些特殊情况。
  最后一章谈的是珊瑚结构的类型的分布情况；地图上的深蓝色表示环礁的分布情况，浅蓝表示堡礁的分布情况，而红色表示岸礁的分布情况，达尔文根据自己的理论正是用蓝色表示他假设的下沉部分，红色表示升高部分或定态部分。地图表现出来的是一幅异常醒目的图景。看来，没有形成五光十色的东西，下沉部分占了大片大片的空间，升高部分也同样如此，相反，深蓝色的斑点或浅蓝色的斑点在地图上恰恰是在那些地方相互混杂起来；根据理论，这很容易用完全相同的一些理由（下沉）来解释。
  一八四二年五月十八日，达尔文到过梅尔，六月十五日到过施鲁斯伯里。很可能，他在这两处地方都住过几天。在这些美好的日子里，正如他所说的那样，他终于“使自己”在这里首先用铅笔草草拟就他的相当完整的物种起源的理论概要，正如我们所看到的，这个理论早在一八三九年“就在他的头脑中形成了”。《概要》的手稿后来藏在唐恩的庄园里一个楼梯下面的壁橱里，这个壁橱从来“没有用作文件柜，很快成了装那些不想消毁的东西的仓库”。手稿在达尔文死后十四年，当继承人拆毁这座庄园时才发现。手稿看来是非常有趣的，所以弗朗西斯·达尔文在纪念查理·达尔文诞生一百周年时把它加上自己的注释出版了。这一点是很不容易做到的，因为《概要》是用软铅笔写在质量不好的纸上，有一些地方很难读懂：很多词尾难辨认，而且没有上下文就无法读出这些词。显然，《概要》是用极简单的文体匆匆草就的，涂抹和修改的地方很多，这大概是在写的时候做的，手稿不能产生这样一种印象，它是经过小心翼翼地读了几遍的。总的说来，这是一部把自己所明白的东西非常仓促写出的笔记，而不是一份使别人信服的材料。
  弗朗西斯·达尔文在说明他对《一八四二年概要》总印象时说：“值得指出的是，在一八四二年，即在发表《起源》（物种）的十七年前，我父亲能够非常完整地拟出他未来著作的概要”。实际上，如果把《概要》同《起源》相比较，那么不由地使人对《概要》的完整性感到惊奇，也就是说，《起源》所有的基本章节，所有的基本思想和想法，在《概要》中都已包括进去了。的确，在比较大的章节中也许只是缺少“性状的分歧和中间类型的绝灭”的原则。所有其它的东西都已有了，虽然《概要》的篇幅大约只是《物种起源》的第六版的篇幅的十五分之一，是第一版的篇幅的十二分之一。此外，在一些不通的、含混的和没有写完的句子中（要知道，这是他匆忙写的笔记），——达尔文承认，文字润色工作总是使他感到很吃力——我们有时突然碰到富有表达力的、通顺流畅的长复合句或用得很恰当的比喻，这些都是我们在《起源》一书上所熟知的，“总结”的开头就是这样——关于自然选择的各章；把过去对生物（好象对怪物一样）的看法比作野人看军舰，而野人并不知道，军舰是什么时候和怎样制造的；最后，《起源》著名的结束语也是如此。
  在把自己的伟大艺术品奉献给世界的伟大艺术家那里，我们经常发现用简单的线条勾画出的这些艺术品的初稿。常常令人感到惊奇的是，在这些草稿中已经有了全部的构图，也许只是在人物和形状方面略有不同，而有些地方，有些形状和轮廓已被画出来，而且抓住了最精彩的地方，完全和未来的图画一个样了。这些草稿有时受到行家们的珍视程度并不亚于图画本身，这是可以理解的，由于用的线条少，所以主要隐秘的和本质的东西往往就在这里表现得比大图画要清晰明显，因为大图画中大量细腻的描绘，大量的线条和颜色，冲淡人们对主要东西的注意力。我们可以把《一八四二年概要》比作这样的草稿或天才图画的草稿。例如，达尔文关于变异的基本思想从最初几行文字里就描写得十分清楚和准确！在一小段里，选择的两种形式的轮廓已经描写得十分清楚了！
  我们可以想象在梅尔或者在芒特、施鲁斯伯里从事这种工作的达尔文。我想，无论在哪里，达尔文都会感觉象在家里一样。无论在哪里，人们都习惯了他这个“忙人”（埃玛的话）——近来他完全在忙于撰写许多文章来总结他环球旅行时的观感和调查。当然，这里没有人妨碍他工作。的确，他离开了使他感到不适的烟雾弥漫的伦敦来到了农村，来到了空气新鲜的地方，好让自己休息一下，但是如果无事可做他未必能休息好。
  他已习惯于工作，而在这里他只是“使自己”改变工作的题目罢了，可能因为撰写地质论文的细致工作使他有些疲倦。他暂时把这一工作搁下，但他非常喜欢思考和修改关于物种的笔记：笔记大量增加了，而且需要把搜集的材料加以分析和整理。他深信，物种是变化的，一些物种生长出另一些物种，但又确信，这种意见会遭到强烈的反对，眼前还存在着困难。对所有这些困难也要进行分析，困难严重到什么程度，本人应该相信一切，并使读者也深信不疑。在任何情况下，他都不再相信物种是创造的和不变的。这是非常严肃的问题。他要写出一本书来，不过这是一本公正诚实的书，书中将要表达自己的信念和自己所有的疑问。不过，应该想到，一贯?