天之逆子。肆予荼毒，继被腥膻。裂寇毁冕，羞此沐猴；断发文身，操同人彘。寡人妇而孤人子，不闻塞上飞鸿；南走越而北走胡，尽是长平坑卒。惨矣黔首靡遗，幸而苍天悔祸。东南占天子之气，四海献赤帝之符。恭遇皇帝神武天援，仁孝性成，英协高皇，勋追成祖，文称师济，武列纠桓。不期而会者海外一十四国，同心而应者土司三百五营。连袂云，挥汗雨，谁云越士三千；左带山，右砺河，不弱秦关百二。领滇、黔而镇巴蜀，牧养秦、晋之效，群定冀北；踞湖南而跨岭表，击楫闽、粤之□，小视江东。惟钟山抷土，乃十七帝之英灵，于兹凭式；　南国士民，受三百年之恩养，　报效于今。先取金陵，　肇开皇业。独是麻、　黄为蜀地之咽喉，英、霍、为楚、豫之指臂，左连东吴，右通濠、泗。其间削籍勋耆，埋名隐姓；忠臣义士，剑侠奇人。细柳闻天子之诏，尺土龙蟠；大树振将军之名，千里寻穴，矧崇山久成铁笼，峻垒愿借金汤。凡我同仇，义不共戴。勿夺先声，徒成烽火之戏；矢为后劲，同坚背水之盟。且一战而敬谨授首，再战而贝勒成擒。招来万亿游魂，屈指二三余逆。于此人力，可卜天心。瞬息夕阳，争看辽东白豕；灭此朝食，痛饮塞北黄龙。功永勒于汾阳，名当垂于淝水。世受分茅，勋同开国。谨檄　。〃
  檄文富有文彩，铿锵有力，表现了郑成功的儒家风范，对于北攻金陵，反清复明，确是一个鼓舞人心的号召书。
  北伐军一开始就取得了辉煌的胜利，声威大振。东南各地的反清力量纷纷起来响应。清朝政府大为震惊。在一个接一个的胜利面前，使郑成功求战心切，想很快攻下南京，然而却导致兵败金陵无功而还。
  顺治十六年（公元1659年）六月二十八日，郑成功召集诸将商议进攻南京。甘辉认为北据瓜洲、镇江而截北来援军，南占北固山而封江浙通路，则金陵可以不劳师而收复。郑成功则不以为然，决心立即进取南京。甘辉又建议从陆路进攻快，可以一鼓作气拿下南京，又可沿途攻州破县阻截敌人援兵，郑成功也没有采纳。
  七月四日，郑成功率北伐大军乘船溯流而上，猛扑南京。沿途守将闻风丧胆，纷纷献城归顺。郑成功七月七日到达南京城外观青门。
  由于郑军的声威，所到之处闻风投顺，甚至出现了一些戏剧性场面。郑成功派小哨徐明等前行芜湖，因为误入浦江港，遇上了敌兵。这时郑军只有虎卫将4员刚登上岸，他们面对清兵200人，徐明等小哨4人也只好上岸相助。清兵200人面对这8员猛将竟不知所措，以为天兵骤降，惊惶逃走。这8人乘势追到芜湖南门，而芜湖守兵都从北门逃走。城中百姓迎接这官兵8人入城镇守。大街上很快流传了童谣：〃是虎乎否？八员铁将，惊走满城守虏　。〃郑成功到了南京城下，不禁感慨万千。望着烟波浩淼的江面和笼罩在雾中的城楼，他壮怀慷慨赋诗：
  缟素临东誓灭胡，
  雄师十万气吞吴。
  试看天堑投鞭渡，
  不信中原不姓朱。
  郑成功大军包围了南京城，　并重申《　抢掠奸淫军令》，强调军队的纪律。南京城下旌旗飘动，金鼓齐鸣，一派雄武气象。
  郑成功大军包围南京，江南各地为之震动。负责江宁驻防的管效忠不敢出战，紧闭城门防守待援。
  南京城里已慌了手脚。郑军从捉到的一名从南京出来送情报的人员那里，了解到城中的情况。原来南京总督管效忠自镇江败回后，知道郑军即将进攻南京，便日夜督理防城器械，并派人前往苏、松等处求取援兵，同时向北京清廷紧急奏报求援。
  城中守军已被吓破了胆，奏报中称海师20余万，战船千余艘，俱全身是铁，箭穿不透，刀斩不入。从瓜洲、镇江败回的兵将，仍然惊魂未定。指挥战局的人也一筹莫展，不知如何是好。
  郑成功得到这个情报非常高兴，他说　：〃城内到了这种程度，南京一定会投降的　！〃郑成功命人起草了一份劝降书，指出南京的困难，劝其投降，随后将信绑在箭上射入城中。
  七月十二日，郑成功率文武官员拜祭大明太祖朱元璋。江风习习，松涛浩浩，郑成功与诸将全身缟素，向孝陵方向跪拜。郑成功泪流满面，诸将也无不哭泣。
  在一片得胜声中，诸将纷纷请求早日攻城。大将周全斌说　：〃如今已占领瓜洲，用兵贵在神速，如果一鼓作气将南京拿下，将皇帝迎驾过来，那么中兴大明便指日可待了　。〃大将甘辉说　：〃大军在城下驻扎太久，容易失去锐气；而且日久如果清军援军一到，要多费一番功夫。请求您快一点指挥攻城　。〃郑成功却另有一番考虑。他认为清军惧怕郑军，即使不降也会逃走，而不必劳师攻城，造成太多的杀戮，使南京百姓也跟着遭殃。
  郑成功在这件事上犯了战略上的错误。他错估了当前的形势，被以前所取得的胜利冲昏了头，而自以为清军必然或降或走。
  当然，郑成功不急于攻城，也有其他方面的原因。
  此如当时的枪炮尚不十分充足，其他各路抗清兵马尚未到来等。正是由于他的过于自信、过于慎重，失去了攻下南京城的大好时机，导致了这次北伐的失败。
  还有一种说法，说是郑成功中了城内清军的缓兵之计。说城中守军答应30日后献城，因为30日内守城者失城，会累及家眷。这种说法是不可信的。首先，尚没有从别处见过清方关于〃守城三十日失守，不再罪及妻孥〃的记载，其次，郑成功不会轻信守城者没有实际行动的承诺。
  江南各处不断有归附郑军的官兵，从形势上看郑军的威望与日俱增。然而郑军也正在不知不觉中丧失了自己的优势。
  郑成功传令各提督统领，限令二十二日安炮攻城。
  然而清兵援军已开始向南京集中，总兵梁化凤于十五日自崇明赴援，突围入南京城，与城中守军合为一股，加强了防守力量。
  二十一日，郑军截获了城中的塘报，说各处清兵已经齐集南京，欲来冲杀，与郑军一决胜负。郑成功布置军队迎战清军。
  二十二日中午，双方炮战正式打响。清兵在仪凤门安置火炮，与郑军前锋阵对击，郑军的炮架设在路口，全被击碎，官兵无立足之处。接着清军拥大队冲出城来，也有的从屋顶上冲下来，郑军救应不及，前锋镇余新、左营董廷，和大小将领官兵全军被歼。中冲镇副将萧拱柱也阵亡，萧拱宸浮水而逃。清兵趁势蜂拥出城扎营。
  首战遭受挫折，郑成功当晚重新布置了兵力，传令抽兵驻扎观音山待敌。郑成功的部署是：左先锋镇杨祖，统援剿右镇姚国泰，后劲镇杨正，前冲镇蓝衍屯扎大山上，做犄角应援；中提督、五军，伏在山内；左武卫、左虎卫，列在山下迎敌；郑成功督右虎卫、右冲镇万禄，在观青门往来应援；后提督、宣毅左等堵御大桥大路；右提督、宣毅后镇、正兵镇，由水路抄蹑敌后；左冲镇专理水师，防止敌兵由水路抄来。
  郑成功的这个布阵犯了严重的错误。他将兵力分散于难于及时救援之地。一旦一路遭到清军优势兵力的攻击，其他各路很难及时赶到救援。
  这天晚上，清兵乘胜逼近郑军营地扎营对垒。
  二十三日辰时（上午9点左右），清兵大队人马数万人从山后抄出，南冲左先锋镇之营，但郑成功已传令中军营，无令不许轻战，而山上山下又隔远不见，只听清军的冲杀声。清兵动用了全部的攻坚器械，炮火交集，郑军无处容足。清军一齐下马死拼，郑军将士冒死迎战。郑成功派遣右冲镇、右虎卫镇前往援助，但山高爬不到，左先锋寡不敌众，已被清军杀败。前冲镇蓝衍战死阵中。清兵乘胜从山上冲下，中提督、五军等在山内被围，死战不得突围相继阵亡。左武卫、左虎卫在山下整军死拼，但大势已去，独立难支，也终于被歼灭。后提督堵御大桥头，遭到清兵首尾夹击，被歼灭。
  郑成功见败势已定，便指挥军队撤退到船上。清军水师这时也攻击过来，左冲镇一面堵截反攻，一面保护其他官兵撤离。清兵畏惧郑军的水师，不敢轻易再战，因为水战是郑军的优势。
  当晚，郑成功传令撤往镇江，并让左冲镇、宣毅后镇殿后，并援救从战场上逃回的士兵。
  郑军官兵陆续从水路陆路逃回的很多，但检查军队，不见大将甘辉、万礼、林胜、陈魁、张英、蓝衍，副将魏标、　朴世用、洪复，户官仪卫等人。　北伐的17万大军也伤亡过半。郑成功不觉放声大哭〃今日惨败，实乃我一人的罪过，成功有何面目再见东南父老　！〃10余年来日夜思虑谋划的北伐壮举，就此以惨败结束了。郑成功的中兴事业，受到了严重挫折。
  2、遭受清廷会剿
  当郑成功直捣金陵的消息传到北京时，清廷极为惊慌。顺治帝曾想迁都，在皇太后劝说下他便亲自前往南苑练兵，准备亲征。不久，清军大获全胜的消息传来，顺治帝非常高兴。
  这时，清军在云南、贵州也取得了决定性胜利，南明永历皇帝逃往缅甸，李定国逃往云南少数民族地区。这样，清廷就决定全力以赴，围剿郑成功这支孤军。
  清廷不再以和谈来争取郑成功了，而是采取强硬态度。逮捕了私自与郑成功联系的马进宝，以内大臣素达为安海将军，与浙闽总督李率泰，准备共同领兵攻打厦门。
  郑军在南京的战败，使兵力损失大半。沿江所占领的州县又全部丢失。张煌言的部队也因郑军兵败成为孤军而被歼灭。
  战后，清廷对江南各府州县迎接郑成功的人进行了严厉的追查，株连被杀的极广，十分惨痛。经此一挫折，江南士民盼望恢复，怀念故国之心，遭到巨大打击，从此死灰再也难于复燃了。
  整个形势对郑军极为不利。在军事上郑军成为一支孤军；在政治上江南百姓面对清廷的残酷镇压，不敢再对郑军友好了。
  郑成功重新调整了军队的组织、将领，分派各镇到温州、台州、舟山各港地方屯扎、征饷，休养训练。
  同时，郑成功发布告示，广行招募旧时散逸的将官兵，修整船只，备造军器，兵力渐渐有所恢复。
  通过这次北征，郑成功更感到需要有更为安全可靠的地方以供郑军长期坚持抗战。因为他更清楚地认识到了清军的实力和自己在整个局势中所处的不利地位。东进台湾，转移根据地是他思虑已久的事情。他考虑派遣前提督黄廷、户官郑秦督率援剿前镇、仁武镇前往台湾，打平障碍，安顿将领官兵家眷以为长久之计。
  顺治十七年（公元1660年），郑成功驻于思明州演武亭，继续整军练武。他祭祀阵亡将士、安抚阵亡将领家属，厚给抚恤，议定南京战役的功罪，使人心渐渐稳定，兵力又有所恢复。
  三月，郑成功得报，说清将素达已到达泉州，正在修理水师，准备要来攻思明。
  四月，探报称清兵出征马匹已备齐，船只器械、舵梢也备好，定下期限，即将来进犯思明。
  郑成功派人将各提督统镇官兵家属搬往金门，并布下重兵结为船队，前往崇武停泊，以抵御泉州港和所有从上流来的清兵船只。为鼓舞士气，郑成功向全体官兵发出一道谕令。
  他在谕令中指出郑军的优势，清军的短处，以消除官兵中存在的畏清心理。郑成功回顾了与清军在瓜洲、镇江之战，说明清军并非不可战胜。而且此次清军舍弃了马之长技，而与郑军争衡舟楫之间，不仅船只少，而且所用人员也大多是叛降者。因此，郑军能取胜是很明显的。为了激发将士斗志，他约定又特设一赏格，不论大小将领官兵，一律照赏格立功受奖。
  四月二十六日，清军泉州港水师船只200余艘，进到祥芝澳，步兵登陆，船只傍山边而行，停泊在围头，步兵就地扎营。郑成功则一切准备完毕，只等敌人来攻时给其回击。
  五月，李率泰和素达，带领降将施琅、黄梧等人合力进犯。素达兵进海门，李率泰兵进金门附近浯屿。
  五月十日，双方在海上大战，各有伤亡。中午时分，郑成功站在中军舰上，一手拿着指挥旗，一手拿着宝剑，　问左右将领　：〃海面是否已经平静了　？〃诸将回答　：〃平静了　。〃郑成功胸有成竹地说　：〃海流平静就潮转，潮转风就随之而转　。〃于是下令发出信号，命令各船发起进攻。郑成功下到八桨快艄上，来往巡视，鼓舞士气。果然，顷刻之间，海面上刮起了强大的东风，波涛翻滚，船只上下猛?